解决前进道路中的困难和问题关键在于改革，只有改革才能为企业发展带来活力。2001年，已有53年历史的鸡西矿务局改制为鸡西矿业（集团）有限责任公司，2003年将新城矿全部资产卖给民营企业北方制钢公司，2004年将原小恒山矿作为二道河子矿新区改成股份制为东山煤业公司，2005年滴道矿破产后重组为滴道盛和精煤公司，2005年城子河矿、二道河子矿、张新矿已做好破产申报等前期准备工作，在已破产的五个矿成立社区办事处管理离退休人员、工伤、工亡职工遗属等，土地规划处、公安处、家属委组、所属中小学校先后划归政府管理，2003年开始着手主辅分离等工作，企业深化改革的步伐越走越坚定。
特别是在全面强化安全管理上，公司上下认真贯彻《安全生产法》，不断筑牢矿井安全基础，提高员工安全素质，规范安全工作秩序，改善安全装备水平，构建安全长效机制。2002—2005年，通过列入国债、国补、企业自筹，四年共投入35204万元补还安全欠账。持续推进煤炭生产和精煤战略，结合连续开展开拓掘进年活动等措施，全公司原煤产量大幅递增，2004年突破1050万吨；投入5000万元新建平岗矿洗煤厂，并对原有4个洗煤厂改扩建，不断改进洗选工艺，增加入洗量。
开展全员安全教育培训，于2002—2005年投入600多万元为三级培训中心装备了多媒体教室，购置了教学模型和演示设备，完善了四级培训阵地并正向五级培训延伸。2004年7月30日，全国煤矿安全培训工作经验交流现场会在鸡西矿业集团召开。2005年8月，全国企业安全培训工作会议又一次交流了鸡西矿业集团的经验。2006年以来，鸡西矿业集团先后投资7000余万元用于三级、四级和班前五级培训基地建设。投资2000余万元对公司安全技术培训中心进行改造，建成了省内一流的培训中心和全国煤矿安全生产警示教育基地，并取得了国家二级安全生产培训机构资质。
坚持抓好科技创新，这期间提高了对科技兴企的认识，鼓励并实施科技攻关项目30项，完成科技效益项目225项，取得效益12亿元。其中2005年《高强预应力锚杆支护技术》《物流管理信息系统》获黑龙江省科技进步奖。2005年2月24日，公司召开科学技术大会，一批科技进步先进单位、工程技术人员受到表彰。2007年3月21日，公司再次召开科学技术大会，表彰奖励了一批科技创新先进单位、优秀科技人员标兵、优秀科技人员及煤矿工程专业技术拔尖人才，颁发了科学技术奖。
随着改革发展和效益提高，职工生活水平一年上一个新台阶，人均工资逐年增加，从2002年的560元/月，到2005年达到1025元/月。至2005年7月，已全部还完陈欠工资4.3亿元，补发离退休人员和在职员工医药费1920万元。落实了离退休工人报刊费、兑现了员工工伤保险、医疗保险、失业保险等政策，共计10500万元。提高采掘一线班中餐标准，由每天的1.2元提高到3.2元。仅2005年就投资3500万元，用于各矿员工生产浴池、食堂、宿舍的改造。一系列改革创新举措，引领了企业从困境走向复苏、从低谷走向崛起。