事物的发展是曲折的，前进的道路也不是一帆风顺的。1992年进入市场经济后，由于外部环境和主观因素、历史矛盾和现实问题等多种因素叠加，鸡西矿务局一度陷入前所未有的困境。这一时期是企业变革最为频繁的特殊历史时期。
鸡西矿务局1990年至1993年隶属国家能源部，1994年至1998年隶属煤炭工业部。1998年煤炭工业部撤销，鸡西矿务局下放到地方管理，当年省政府接管后，鸡西矿务局隶属省企工委、省国资委。2001年8月28日，鸡西矿务局按现代企业制度要求实行公司制改革，企业改制为鸡西矿业（集团）有限责任公司，仍隶属省企工委、国资委；8月31日，公司召开首届董事会。
1991—1995年，鸡西矿务局提出坚持以转换经营机制，加大改革力度，调整产业结构，全面提高‘两效’为中心，突出抓好安全，保证持续稳定发展煤炭生产为重点，以加强企业管理，依靠科技进步为手段，把生产水平、职工素质和各项经济技术指标推向一个高层次，建成一个综合力强，整体功能完善，经济效益明显提高的新型矿区。1996－2000年，是鸡西矿务局历史上最困难的五年。1998年煤炭部撤销，矿务局划归地方领导，在经济运行上被完全推向市场，国家对矿务局完全“断奶、断粮”。煤炭产销量急剧下滑，当年原煤产量仅有520万吨，亏损大幅增加。拖欠职工工资严重，矿工大量流失，一些技术人员另谋生计。矿区不稳定因素增加，群体上访事件频发，滴道矿2000多名退休职工堵铁路、堵公路长达9天，造成巨大经济损失和不良政治影响。
面对严峻形势，鸡西矿务局在经济运行上，提出了“依托煤炭求生存，跳出煤炭求发展”的战略构思，号召员工走工务农、工务牧道路，大力发展第一产业，鼓励庭院经济，各自突围，各自解困。大力精简分流人员，到1998年累计分流下岗30 674人，减轻了企业负担。1998年9月1日，鸡西矿务局出台基层单位全部放开、实行独立经营、变为二级法人的举措，并注册登记法人营业执照。从1999年3月30日开始， 鸡西矿务局实行新的销售管理体制，成立销售总公司，设销售、运输、洗煤三个处，设进出口、储运、生活、多种经营四个公司，设驻辽、吉、黑三个公司。1999年经国家有关部门核准，对恒山矿、小恒山矿、穆棱矿、大通沟矿开始依法履行政策性破产程序，重新组合之后陆续安置职工1.66万人，为企业改制做了必要准备。
2000年，新任鸡西矿务局局长的赵文林提出了“吃上饭、吃饱饭、吃好饭”的发展方向，大力弘扬长征、大庆、抗洪“三种精神”，工作上从转变干部作风抓起，突出井下生产一线，开展了上总量、达标准、保安全、增效益会战，使矿区形势开始有了新变化，职工情绪稳定，各项工作稳步回升。2001－2005年，是鸡西矿业集团走出低谷、复苏振兴的五年。借助国家和省政府的政策支持和煤炭市场好转、价格持续上扬的有利因素，抓住机遇快发展，努力摆脱计划经济体制的束缚，开始建立规范的适应市场经济发展的现代企业制度，稳妥地改革转制，进一步活化经营机制，细化经营管理，抓接续上总量，强化质量达标工作，加大安全投入打牢基础，加强干部作风建设和员工队伍建设，不断战胜自我，超越自我，矿区政治经济社会面貌实现一年一个新变化。